广东省微生物研究所菌种保藏中心（GIMCC），专业的菌种保藏中心，有二十年多年的菌种分类鉴定历史，拥有先进的生物科学仪器和从事分类鉴定的专业化人员队伍。GIMCC承担全国微生物菌种的委托鉴定工作，为国内科研机构、大专院校和生产企业等提供微生物菌种的鉴定及微生物菌剂环境安全评价服务，保证在鉴定和评价程序内使用所提供菌种，不私自提取、保藏、转让或作他用。
菌种鉴定手段包括：
（1）常规鉴定
常规鉴定的内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源的利用能力、各种代谢反应、酶反应等；新种等可做细胞壁化学组分、肽聚糖种类，脂肪酸含量， DNA-DNA杂交、G+C摩尔百分比等。
（2）BioLog碳源自动分析鉴定
BioLog鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。该系统已获美国FDA认可，已逐步应用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、制药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中，可鉴定包括革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、厌氧菌、酵母、丝状真菌在内的近2000种微生物。
（3）分子生物学鉴定
应用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关系是目前微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。GIMCC拥有应用于微生物菌种分类鉴定的分子生物学实验室，配置有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、凝胶成像仪等先进设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等系列序列分析软件。目前GIMCC可采用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA和26S rDNA D1/D2序列及丝状真菌的18S rDNA和ITS1-5.8S-ITS2序列，构建系统进化树，提供科学的鉴定结果。
（4）API自动鉴定（生化指标）